법인의 각 사업연도의 개시일 전 5년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 세무상 이월결손금은 법인세 과세표준의 계산에 있어서 이월공제되는 것이며 중소기업의 경우에는 이러한 이월공제제도 외에 소급공제제도를 두어 지원하고 있습니다. 즉, 중소기업이 당해 사업연도에 세무상 결손금이 발생한 경우에는 그 결손금에 대하여 직전 사업연도의 법인세액을 한도로 환급신청할 수 있습니다.   이러한 결손금 소급공제에 의한 환급을 받으시려면 「소급공제법인세액환급신청서(별지 제68호 서식)」에 결손사업연도 및 직전사업연도의 법인세과세표준 및 세액조정계산서 사본을 첨부하여 법인세 과세표준 신고기한 내에 납세지 관할세무서장에게 신청하여야 합니다.   과세표준 신고기한 내에 소급공제에 의한 환급신청을 하지 않은 경우에는 결손금을 이월공제하는 것이며 경정청구에 의하여는 환급받으실 수 없으므로 유의하셔야 합니다.

≫ 소급공제에 의한 환급세액의 계산

환급세액은 다음 ①과 ②중에서 적은 금액을 한도로 합니다. ① 환급대상액  ＝ 직전사업 연도법인세 산출세액 －  (직전사업연도 과세표준－소급공제 결손금액)  × 직전 사업연도 법인세율 ② 한도액(직전사업연도법인세액)＝직전사업연도 법인세산출세액－직전사업연도 공제·감면세액

※ ‘직전사업연도 법인세 산출세액’은 토지등 양도소득에 대한 법인세를 제외하고, ‘소급공제 결손금액’은 당해사업연도의 결손금으로서 소급공제를 받고자 하는 금액으로 직전사업연도의 과세표준을 한도로 함  

≫ 환급세액의 추징 또는 재결정

가. 소급공제에 의한 법인세의 환급후 결손금이 발생한 사업연도에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정함으로써 결손금이 감소된 경우 추징

나. 당초 환급세액을 결정한 후 당해 환급세액의 계산의 기초가 된 직전 사업연도의 법인세액 또는 과세표준금액이 달라진 경우 추징 또는 재결정

다. 환급세액을 추징하는 경우에는 이자상당액을 가산하여 징수

- 이자상당액 = 환급취소세액 × 기간＊ ×  3/10,000

- 기간＊ : 당초 환급세액의 통지일의 다음 날부터 추징세액의 고지일까지의 일수