1세대 2주택의 경우 2주택 중 먼저 양도하는 주택에 대하여는 양도소득세가 과세되고, 나머지 주택은 비과세 요건을 갖춘 경우에만 양도소득세가 과세되지 않습니다.

그러나 다음과 같은 경우에는 예외적으로 1세대 2주택이라도 양도소득세가 과세되지 않습니다.

≫ 일시적으로 2주택을 소유한 경우(영155 ①)

양도소득세가 비과세 되는 집 한 채를 가지고 있는 1세대가 새집을 사고 1년 안에 전에 살던 집을 팔게 되면 양도소득세가 과세되지 않습니다

≫ 상속주택을 받아 두 채의 집을 갖게 된 때(영155 ②)

상속받은 주택과 일반주택을 국내에 각각 1개씩 소유하고 있는 1세대가 일반주택을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유한 것으로 보아 1세대1주택 비과세됩니다

또한 상속을 받아 1세대 2주택이 된 경우로서 2002.12.31 이전에 상속받은 주택을 2004.12.31까지 팔 때에는 보유기간 및 거주기간에 관계없이 양도소득세가 과세되지 않습니다(영 부칙19, 2002.12.30)

- 2003.1.1 이후 상속받은 주택은 일반주택과 동일하게 과세 또는  비과세 여부를 판정합니다
다만, 여러 주택을 가진 사람이 사망한 경우에는 그가 가장 오래 소유한 주택 한 채를 상속받아 1세대 2주택이 된 상속인에게 이를 적용합니다(영155 ③)

≫ 한 울타리 안에 두 채의 집이 있을 때(재일01254-1537, 1990.8.13)

한 울타리 안에 집이 두 채가 있어 1세대 2주택이라 하더라도 1세대가 주거용으로 모두 사용하다가 일괄하여 양도할 때에는 양도소득세가 과세되지 않습니다
단, 고가주택의 범위에 해당하는 경우에는 양도소득세가 과세됩니다(영156)

※ 구분하여 각각 양도하는 경우 먼저 양도하는 주택에 대하여 양도소득세가 과세됩니다

≫ 집을 사간 사람이 등기이전을 해가지 않아 두 채가 된 때(통칙89-5)

양도소득세가 과세되지 않는 1세대 1주택을 팔았으나, 집을 사간 사람이 등기이전을 해가지 않아서 1세대 2주택이 된 경우 매매계약서 등에 의하여 종전의 주택을 판 사실이 확인되면 양도소득세가 과세되지 않습니다

≫ 직계존속을 모시기 위하여 세대를 합쳐 두 채의 집을 갖게 된 때(영155 ④)

1세대 1주택을 소유한 자가 1주택을 소유한 60세(여자의 경우에는 55세) 이상의 직계존속(배우자의 직계존속을 포함)을 모시기 위하여 세대를 합치게 됨에 따라 1세대 2주택이 된 경우 세대를 합친 날부터 2년 이내에 그 중 1주택을 양도하게 되면(3년 이상 보유한 경우에 한함. 다만, 서울·과천·5대 신도시 소재 주택의 경우에는 터 3년 이상 보유 및 2년 이상 거주한 경우에 한함) 양도소득세가 과세되지 않습니다.

≫ 결혼으로 1세대 2주택이 된 때(영155 ⑤)

각각 1주택을 소유한 남·녀가 결혼으로 1세대 2주택이 된 경우 결혼한 날부터 2년 이내에 그 중 1주택을 양도하게 되면(3년 이상 보유한 경우에 한함. 다만, 서울·과천·5대 신도시 소재 주택의 경우에는 3년 이상 보유 및 2년 이상 거주한 경우에 한함) 양도소득세가 과세되지 않습니다.

≫ 농어촌주택을 포함하여 두 채의 집을 갖게 된 때(영155 ⑦)

1주택(일반주택)을 소유한 1세대가 서울·인천·경기도를 제외한 읍·면 지역(도시지역 안의 지역은 제외)에 있는 농어촌 주택[상속받은 주택(피상속인이 취득 후 5년 이상 거주한 경우), 이농주택(취득 후 5년 이상 거주한 경우), 귀농주택]을 보유하여 1세대 2주택이 된 때에는 농어촌 주택 외의 주택(일반주택)을 3년 이상 보유(서울·과천·5대 신도시 소재 주택의 경우에는 2004년 1월 1일 이후 양도하는 분부터 3년 이상 보유 및 2년 이상 거주)하다 팔면 양도소득세가 과세되지 않습니다.

≫ 농어촌주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례(조특법 제99의4조)

1주택(일반주택)을 소유한 1세대가 법에서 규정한 지역의 일정규모 주택(농어촌 주택)을 2003.8.1부터 2005.12.31까지 취득(신축 포함)하여 3년 이상 보유하고, 농어촌 주택 취득전에 보유하던 1주택(일반주택)을 양도하는 경우 비과세(1세대1주택 비과세 요건 충족된 경우)됩니다.