대외무역관리규정에서는 구매확인서의 사후발급을 인정하고 있습니다. 그러므로 구매확인서는 세금계산서 발행일이 속하는 부가세 과세기간(제1기: 1월 1일부터 6월 30일까지. 제2기: 7월 1일부터 12월 31일까지)의 익월 20일이내에 발급이 되어야 합니다.

다만, 부가가치세법상 실무적으로 구매확인서가 발급이 되지 않고 물품 공급이 사전에 이루어진 경우에는 공급시기에 영세율세금계산서가 아닌 일반세금계산서 발행 및 교부하고 물품공급일 속하는 부가가치세 과세기간의 말일 익월 20일이내 구매확인서를 사후발급 받았을 경우 과세세금계산서에 대하여 수정세금계산서(-)를 발행하고 취소 후 발급된 구매확인서를 근거로 영세율 세금계산서를 재발행(구매확인서 번호 기재)는 것으로 하도록 지도하고 있습니다.

(실제로 2011년도에 이 사안으로 엄청나게들 가산세를 두들겨 맞았었습니다.)

이런 행정지도에도 불구하고 배치되는 사안으로 구매확인서 발급없이 사전에 영세율세금계산서가 발행되고 사후에 정당한 구매확인서가 발급되었을 경우 상기와 같이 수정세금계산서를 발급하지 않아도 된다는 조세심판사례도 있습니다. 이는 기존 판결들과 (세금계산서 불성실 가산세를 적용해야 한다는 판결) 배치되는 판결이므로 (조2013중2318, 2013.08.19)있으니 유의하셔야 할 것으로 사료됩니다.

고로 국세청의 행정지도대로 영세율세금계산서 발행후 구매확인서 발급이 되지 않았을 경우 세금계산서불성실가산세가 발생될 수 있는 가능성을 배제 할 수 없으니 수정세금계산서 교부방법 으로 과세 → 과세(-) → 영세율로 발행하는 것이 바람직합니다.

좀 복잡한데 이해가 되셨는지요?

그냥, 구매확인서 발급 안 받으셨으면, 일반세금계산서 발행후, 구매확인서 발급시(과세기간 종료일 20일)에 마이너스 끊으시고, 수정세금계산서(영세율)로 받으시는 것이 안전할 것으로 사료됩니다.