매입세금계산서를 받았는데요 금액이 잘못되서 수정해서 발행해달라고 했더니 저는 당연히 기발행한건을 취소하고 할줄알았더니 거래처에서 공급가액의변동으로 해서 수정발행했는데

1. 입전표를 두개로 나눠서 처리해야하나요?

-> 두건으로 처리하셔야 합니다. 그래야 부가세 처리후 세금계산서 건수가 제대로 잡힙니다. 그렇지 않으면 부가세신고시 프로그램으로 전자신고를 하는 경우 세금계산서 건수가 잘못 잡힙니다.

2. 는 한건으로 처리하고 싶은데 계산서는 두개(정발행1건,수정1건)로 받고 한건으로 처리해도 되는건가요?

-> 프로그램으로 전자신고를 하지 않으실 거라면 관계없습니다. 홈택스에서 직접 부가세 신고를 하는 경우 (홈택스에서 전자세금계산서를 불러오고, 수기로 받은 계산서를 입력해서..) 라면 전표처리는 수정한 최종 것으로 하셔도 무방합니다.

3. 약 한건으로 처리가 안된다면 한건으로 처리 할 수있는 방법이 없을까요? 제가 알고있기론 수정세금계산서는 한번발행하면 다시 수정 못한다던데... 제가 잘못안건가요?

-> 수정세금계산서도 다시 수정이 가능합니다.