안녕하세요^^
원칙적으로만 본다면 세금계산서는 공급시기에 발행하는 것이 원칙입니다. 대금을 수령한 시점에서 원칙적으로 세금계산서를 발행하는 것이 맞습니다만, 위 경우 대금수취액을 선급금으로 처리해 두었다가, 추후에 세금계산서 발행시 대체해도 무방할 것으로 사료됩니다.
다만, 대금수령 시점에 재화나 용역이 인도되었음에도 세금계산서를 발행하지 않는 경우(월말 일괄발급등, 부가가치세 규정에의한 발급 제외) 추후 공급시기에 대하여 문제가 생겨 가산세가 발생할 여지는 있습니다.
다만, 이런 경우는 실무상 비일비재 하게 발생하는 일이고, 금액의 크기가 몇억 이렇게 크다면 문제의 소지가 있으나 그 금액이 소액이라면 크게 문제가 없다고 사료됩니다.
만약, 금액이 크다거나 한다면 반드시 추가 검토가 필요합니다.
수고하세요~