원천세 신고는 원칙적으로 매월하도록 되어 있으나 직전 과세기간의 상시고용인원이 20명 이하인 경우에는 원천징수의무자가 관할세무장의 승인을 받거나 국세청장이 정하는 바에 따라 지정을 받은 자는 원천징수한 소득세를 그 징수일이 속하는 달의 반기의 다음달 10일까지 신고납부 하도록 하고 있습니다.
다만, 질문자께서 얘기하시는 3개월마다 신고는 다른 의미입니다. 현재는 매월신고, 매월납부가 원칙이고, 위의 사유에 대하여서만(정산근로자, 일용근로자)반기납부의 승인이 있는 경우에만 신고 및 납부를 반기에 한번씩 하는 것입니다.
3개월이라는 것은 일용근로자의 지급조서제출을 매 3개월(1-3, 4-6, 7-9, 10-12)마다의 지급내역을 그 다음달 10일까지 제출하도록 하고 있는데, 그것을 말씀하시는 것 같네요.