건축설계회사(법인회사)에서 경리업무를 맞고 있습니다.
얼마전에 모 건설회사로부터 00아파트 설계용역대금 106,610,000원을 받았는데 국민주택규모이하건축물이라 세액없는 일반계산서로 발행을 했고,부가세신고를 하였습니다.
그런데 이번 4분기 부가세 납입고지서가 와서 확인해보니 공제받지 못할 매입세액이라고 4,014,031원이 나와 회계사무소에 문의를 했더니,,,
모 건설회사로부터 받은 설계금액 106,610,000원은 면세이나,
저희회사가 00아파트 설계작업과 관련한 외주용역회사(예:토목설계,기계설비,소방설계회사등) 에 용역대금을 지불하고 발행한 세금계산서는 인정해 주지 않는다고 합니다.
그래서 공제받지 못할 매입 세액이 발생했다는 겁니다.
들어도 무슨말인지 솔직히 잘 이해가 안되구요~ 더 문제는

이 말이 사실이라면 저희회사는 설계비 부가세를 전혀 받지 못하는데, 국민주택규모이하의 아파트 설계관련(토목설계,기계설비,소방설계 등) 외주업체들한테 부가세를 지불하고 세금계산서를 발행하고 있습니다.

그런데 이 금액이 공제 받지 못한다면 저희회사도 외주업체들한테 부가세를 제외한 용역대금만 지불하고 일반계산서로 발행해야 하는게 맞지 않을까요?
저희회사가 국민주택규모이하 건축물 설계를 자주해서 앞으로도 이런 문제가 종종 발생할것같습니다.
답변 꼭부탁드립니다.

그리고 또 한가지 면세사업자에게 일반 계산서가 아닌 세금계산서로 발행하는게 맞나요?