이 문제는 좀 민감한 문제입니다. 아래 내용은 개인적인 소견이오니 보다 자세한 사항은 조세전문가 또는 국세청에 반드시 상의하시기 바랍니다.
첫재,명시하신대로 특수관계자간 부당행위 계산부인규정에 해당하여 증여세 문제가 발생합니다. 다만, 수증자인 법인은 증여세의 납세의무자에 해당하지 않으므로, 부당행위계산 부인에 해당되는 금액만큼을 법인에 자산수증이익으로 익금산입하고 그에 대한 법인세를 부담하시면 될 것으로 사료됩니다.
둘째, 역시 명시하신대로 주주가치 증가분에 대한 것은 의제배당으로 보아 과세될 가능성을 염두해 두어야 할 것으로 사료됩니다. 다만, 그 자산의 증가분으로 자본전입을 시켜 실질적으로 주주의 가치가 증가되는 경우라면 달라지나, 이를 그냥 법인의 잉여금으로 남겨둘때는 의제배당이라고 할 여지가 없으며, 다만, 이 주식을 매매함에 있어서 양도소득을 계산할때는 해당 자산수증으로 인하여 증가된 자산가치만큼 주식의 가치또한, 증가된다 할 수 있으므로, 이를 싸게 매각하려는 경우, 회사 주식가치평가에 의한 증여세 과세여부등에 영향을 미칠수 있을 것이라 사료됩니다.
정리하자면, 법인이 증여받는 경우 부당행위계산 부인액만큼 법인의 순자산을 증가시키는 세무조정으로 익금에 산입하고, 이 같은 자산증가만으로는 주주의 가치가 실질적으로 증가된다고 볼수 없으므로, 이를 당장 과세하기는 어려우며, 실질적으로 주주의 가치로 변환되는 시점 (배당 또는 주식의 매매시점)에 과세됨이 옳을 거라 판단됩니다.
다시한번 말씀 드립니다. 위 의견은 제 소견이오니 반드시 조세전문가 또는 국세청 질의회신을 통해 공식적인 답변을 받아 처리하시기를 권고드립니다.
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