앞 질문 연말정산 환급처리에 이어서

제가 좀 이해가 안되서 재 질문 드립니다.

2010년도 2월에 2009년도분 연말정산 한 환급액이 나와서 회사는 2010년도 3월분부터 환급액에서 매월 차감했고 직원들은 2009년도 연말정산한 부분에서 환급분이 발생한 직원은 환급을 해주고 납부금액이 있는 직원은 갑근세를 더 납부했는데요 이럴때 회사는 환급액이 있어서 2010년도 6월까지 납부를 안했지만 직원들은 3월분부터 갑근세및주민세를 떼어놓았을때 3,4,5,월분 갑근세및 주민세는 남아있고 7월달에 회사가 환급액이 없어서 6월말에 직원들에게 받아놓은 금액을 7월에 납부를 하게되면 3,4,5월분 받아놓은 금액은 돌려줘야 된다는 건가요?