부가가치세 의제매입세액 관련 질문입니다.

농산물을 구입하여 가공후 음식을 제조하여 판매시

농산물 구입금액의 6/106을 의제매입세액공제 받고있는데

만약 구입한 농산물이 부가가치세 과세대상기간종료시에 재고가 남아있다면

그부분만큼은 제외하고 공제를 받아야 하는건가요?

ex) 부가세 과세기간 (7월 ~ 9월) 

9월에 계란을 100만원 구입하여 계란말이를 만들어 판매하였는데

9월 30일에 계란 재고가 50만원 남았을시

의제매입세액은 1. 100만원 * 6/106 = 56,603원

                      2.   50만원 * 6/106 = 28,301원

1번이 맞나요? 2번이 맞나요?

 현재 1번의 방법으로 신고하고있는데 문제될점이 있을까요?