2009년에 개인회사 공장(토지,건물)을 6억에 매각하고 토지는 계산서를 끊고, 건물은 세금계산서를 끊었습니다. 개인회사에서 직접 양도소득세 하는곳에 여쭤보고 건물, 토지 각각 3억으로 끊었습니다. 2008년에 장부상 건물 금액이 3억이 조금넘고 감가상각이 되어있는데 장부상 보고 그렇게 끊었다고 합니다.

 공장을 매입한 개인회사에서 건물 세금계산서를 조기환급을 신청하였는데, 세무서에서 3억에 대한 3천만원 부가세를 인정을 못하겠다며 기준싯가를 계산해서 3천만원 못되는 금액을 환급해주겠다고 합니다.

감정을 하지않아서 감정가액도 없습니다.

매매계약서상에 토지3억, 건물3억이 명시가 되어있습니다. 세법을 찾아보니까 실지거래가액이 있으면 실지거래가액으로 한다고 되어 있고, 매매계약서상에 금액이 나와 있으면 된다고 하는데요..

세무서에서는 사실판단의 문제라고 하는데요..

기준싯가로 세금계산서를 끊어야 합당한것인지 궁금합니다?