갑 건설(주) 에서, 을건설(주)에게 상가 신축공사 10억을 하였습니다.

2009년1월20일 착공  계약 : 480,500,000 대금지급조건 명시 되어 있지않음.

2009년 2월20일  1차추가계약 : 298,000,000대금지급 조건 명시 되어 있지 않음.

2009년3월8일 2차계약 :  77,000,000원 대금지급 조건 명시되어 있지 않음.

2009년 4월8일 2차추가공사 : 144,500,000원  대금지급 조건 명시되어있지 않음.

2009년 6월26일 준공완료

(세금계산서 발행)

2009년 4월 30일   480,500,000원 발행

2009년 5월31일    298,000,000원 발행

2009년 6월30일    221,500,000원발행

대금지급 3/31  20,000,000

             4/30 180,000,000

을 건설에서  2009년 1기확정부가세 신고서  매입세액환급신청을 하였습니다.

그런데,

공급시기가 달라서  매입세액공제를 못해준다며  매입세액을 불공제 하였습니다.

대금결재시기 와  공급완료시점에서  세금계산서를 교부해야 공제 가능하다는데,,,

갑회사는  자금사정으로  세금계산서를 발행해서  공사대금을 청구해야 되기때문에  세금계산서를  교부했는데   공급시가가 다르다는 이유로 불공시켰습니다.

통상적으로  공사가 완료되는 시점까지 세금계산서를 발행하고 공제 받으면 되는거 아닌가요?

명쾌한 답변을 부탁드립니다.