안녕하세요. 여러가지 질문을 드립니다....

저는 중국에 전자부품 공장 본사(이하 C사)를 두고 있는 한국연락사무소(이하 CK)에서 근무하고 있습니다.
고유번호증을 부여받았으며, 혼자 근무하고 있어서 어려움이 많네요... (대표자는 중국인, 여권번호로 설립)
제가 설립한지 1년이 좀 지났으며, 그간 세금계산서를 받기만 하였지 발행할 일은 없었으나, 발행해야할 일이 생겨서 문의 드립니다.

그럼 아래 설명 드릴께요.

S사 : 한국에 본사를 두고 있는 대기업

M사 : S사의 한국파트너업체로, 소량의 물량 구매 및 개발샘플등에 대한 결제등을 진행. (S사에서 M사로 결제, M사는 각 업체들에 결제)

SS사 : S사의 중국법인으로 강소성위치. C사에서 SS사로 납품 (중국내 물류이동)

C사 : CK의 중국 본사(절강성 위치)

CK사 : C사의 한국연락사무소. (고유번호증을 부여받음)

ㅁ 물품의 이동 : C사(중국) → SS사(중국)
ㅁ 인보이스 발행 : C사(중국) → S사(한국)
ㅁ 대금의 결제 : S사(한국,KRW) → M사(한국,KRW) → CK사(한국,USD) → C사(중국)
※ 쉽게 설명하자면, 물품은 중국내에서 이동하며, 대금은 한국에서 한국으로 지급. 저희 연락사무소에서 환전하여 중국 본사로 재송금하는 건입니다.

* S사에서는 개발건에 대한 자재대금 결제시 M사를 통해서 결제를 진행.(KRW로 대금 지급)
* 자주 있는 사항은 아니며 순수히 개발 샘플 대금지급을 위해 위와 같이 진행하며, 향후로도 년 3-4회 정도로 예상. 이번은 처음이며 금액은 약 USD1,500정도.
* M사는 KRW로 국내업체에 대금 결제. 필수 서류로 세금계산서 혹은 면세계산서를 제출해야 함.

현재 저의 구상은,
M사에 계산서를 발행하여, KRW로 결제 받은후, C사(본사)에 USD로 환전하여 송금할 계획을 잡고 있습니다.

그런데, S사와 개발업무 진행시, 반드시 M사를 통해서 진행해야 하며, M사는 KRW만 지급 가능하여 C사로 바로 USD송금이 불가합니다.
따라서 M사에 관련 서류 제출시 필요한 내용이 계산서를 발행해야 하는 건입니다.

아래와 같이 문의 드립니다.
1. 스마트빌등을 통하여 전자세금계산서 발행은 불가능 하더라구요. 수기 면세 계산서를 끊으면 되는지요?
2. 면세 계산서 끊었을때, 향후 문제가 될 소지는 무엇이 있을까요. 소명할 내용이 있으면 괜찮은지요?
3. 면세계산서를 자주가 아닌 가끔 끊으면 괜찮다고들 하는데 사실인지요..
4. 위 내용이 쉽지 않을 경우, 고유번호증을 반납하고 수익사업개시신고를 해야 한다고 하는데, 사업자 등록신청을 해야 하는 것이지요? 질의 내용들을 읽다보니, 사업자등록번호는 바뀌지 않는다는 내용이 있어서요... 고유번호증에 수익사업 개시신고만 하는건지, 사업자등록을 따로 해야하는건지..
   그렇다면 한국에 거주하고 있지 않은 외국인의 명의로 (고유번호증상의 명의) 사업자 등록이 가능한지요?

M사에 확인하였을때, B/L, Invoice 및 거래명세서상으로는 대금지급이 어려우며 최소한 면세 계산서는 있어야 한다고 합니다...

답변을 부탁드리겠습니다.
감사합니다.